Modele de case foarte mici

L`analyse de réseau représente une alternative prometteuse dans de telles circonstances limitées de données [22 – 24]. Comme beaucoup de voies moléculaires dans l`EIA sont qualitativement bien décrites, les réseaux d`interaction peuvent être une approche appropriée pour caractériser l`EIA. Ces réseaux sont des représentations simplifiées des systèmes biologiques dans lesquels les composants du système tels que les gènes, les protéines ou les cellules sont représentés par des noeuds et les interactions entre eux par les arêtes [25]. Les modèles de réseau booléen, initialement introduits par Kauffman [26, 27], représentent les modèles dynamiques discrets les plus simples. Ces modèles supposent seulement deux États discrets pour les noeuds d`un réseau, ON ou OFF, correspondant aux valeurs logiques 1 (actif) ou 0 (non actif, mais pas nécessairement absent) [28]. Un modèle logique bien conçu pourrait générer des résultats prédictifs en raison d`un ensemble de conditions initiales. Des cadres qualitatifs et logiques ont émergé comme des approches pertinentes avec différentes applications, comme en témoigne un nombre croissant de modèles publiés [29]. En complément de ces applications, plusieurs groupes ont fourni diverses méthodes et outils pour soutenir la définition et l`analyse des modèles logiques, comme cela peut être vu par les récentes réalisations du Consortium pour les modèles et outils logiques (CoLoMoTo) dans la logique modélisation [30]. Il existe déjà plusieurs outils pour la modélisation booléenne des réseaux de régulation dans lesquels il est possible de définir des relations directes d`inhibition d`activation entre les composants du réseau, tels que BoolNet R [31] ou GINsim [32]. Plus récemment, le paquet R SPIDDOR (pharmacologie des systèmes pour le développement efficace de médicaments sur R), entre autres, a mis en place de nouveaux types d`interactions et de perturbations réglementaires dans le système, tels que les modulateurs positifs et négatifs et la les altérations du polymorphisme, qui conduisent à une dynamique plus riche entre les noeuds [28]. Dans le cas spécifique de l`EIA, il y a eu des tentatives initiales pour développer des modèles de réseau.

L`outil de modélisation multi-États publié par MEI et coll., [33, 34] peut être considéré comme une preuve de concept dans l`application de ces types de réseaux dans les réponses immunitaires muqueuses. Toutefois, le nombre d`éléments que ce modèle considère et intègre est limité pour la caractérisation d`EIA, puisque seuls six types de cytokines différents sont inclus dans l`échelle intercellulaire. La définition de tous les noeuds et les interactions réglementaires complètes et documentées conformes à la structure du modèle peuvent être trouvées dans les informations de support S1 table et S2 table, respectivement. Le tableau S2 est fondamental pour comprendre la justification de la sélection et de la mise en œuvre des fonctions booléennes (BF). Il a été organisé pour fournir un résumé complet des 301 manuscrits (publiés au cours des trois dernières décennies) utilisés pour construire le modèle, en soulignant par exemple si (i) une voie spécifique a été signalée pour être modifiée dans IBD, ou (II) l`information a été soutenue par l`homme (plus de 80% de la structure du réseau) ou des données animales. . Rôles données curation, analyse formelle, enquête la table 2 contient l`ensemble complet de BF qui module le signal initialisé par les antigènes par l`activation de différents récepteurs de reconnaissance de modèle (TLR2, TLR4 et NOD2 noeuds) et l`impact sur la sortie (MMPs) en tant que destinataire de la modulation interne du signal d`antigène. Les noeuds TNFα ou IFNγ ont les voies les plus complexes comme on peut le voir dans les équations booléennes correspondantes (tableau 2).

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